D. Joana Maria de Sousa Mascarenhas era filha de D. Luís António de Sousa, Governador do Castelo de Viana e de sua mulher D. Bárbara Mascarenhas, e neta do 2º Marquês das Minas . Foi baptizada a 16 de Abril de 1695 pelo seu tio Francisco Pinto de Queirós, Abade de Gerás, tendo sido seus padrinhos o avô, o 2º Marquês das Minas, e a Marquesa da Mesquitela, D. Maria de Nazaré e Lima .
Foi herdeira, por morte de seu irmão D. António Luís de Sousa Mascarenhas e Queirós, dos bens de seu pai e de sua mãe, que não chegou a administrar por falecer prematuramente antes de completar os 28 anos de idade . Foi sepultada na Igreja de São Gonçalo da Vila de Amarante .